Rencontre avec Éric Pasmant, coordinateur du DU Médecine génomique – NGS pour le diagnostic génétique et la stratification thérapeutique

Le service de la Formation Continue a rencontré Éric Pasmant, Docteur en pharmacie et en génétique moléculaire (PharmD, PhD), professeur des universités et praticien hospitalier à l’Université Paris Cité. Il anime une équipe de recherche à l’Institut Cochin (Inserm U1016) et est chef du service de génétique de l’ensemble hospitalier de l’Institut Curie. Son activité s’inscrit plus particulièrement dans le champ des prédispositions génétiques au cancer et de la médecine génomique des cancers, domaines dans lesquels le séquençage à haut débit a profondément transformé les pratiques diagnostiques et les modalités de prise en charge.

 Dans un contexte marqué par le déploiement de la médecine génomique au sein du système de santé, notamment à travers le Plan France Médecine Génomique 2025 et plus largement par l’intégration durable de la génomique en routine clinique, Éric Pasmant coordonne avec son collègue Yves Rozenholc le Diplôme Universitaire « Médecine génomique – NGS pour le diagnostic génétique et la stratification thérapeutique » à la Faculté de pharmacie de Paris. Cette formation s’adresse à un public pluridisciplinaire – pharmaciens biologistes, médecins, internes, ingénieurs, techniciens et chercheurs – directement impliqué dans l’analyse et l’interprétation des données génomiques en pratique clinique.

À travers cet entretien, il revient sur son parcours, sur les fondements conceptuels de la médecine génomique, et sur les enjeux scientifiques, cliniques, réglementaires et organisationnels liés à l’intégration du NGS en routine. Il apporte également un éclairage sur la manière dont la formation universitaire peut accompagner l’évolution des métiers et répondre aux besoins croissants en compétences dans un domaine en profonde transformation.

Vous êtes docteur en pharmacie et en génétique moléculaire, et vous travaillez à l’interface entre la recherche en génomique et ses applications cliniques, notamment autour des prédispositions tumorales et des cancers. Qu’est-ce qui, dans votre trajectoire de pharmacien-chercheur et dans votre pratique de la génétique moléculaire, vous a conduit à investir la médecine génomique et à structurer un DU dédié au NGS pour le diagnostic génétique et la stratification thérapeutique ?

« Je suis pharmacien de formation et, très tôt dans mon parcours, je me suis orienté vers la recherche en génétique moléculaire, avec un intérêt particulier pour les maladies rares et les prédispositions tumorales. Mon activité s’est construite à l’interface entre la recherche en génomique et ses applications cliniques, au plus près des problématiques de diagnostic génétique et de prise en charge des patients.

L’arrivée du séquençage à haut débit a profondément transformé notre manière de travailler. On est passé d’analyses ciblées, gène par gène, à une exploration beaucoup plus large du génome, avec des enjeux nouveaux en termes d’interprétation, de bio-informatique, de responsabilité clinique et de décision thérapeutique. Très vite, il est apparu que ces évolutions technologiques faisaient émerger un besoin massif de formation, aussi bien pour les biologistes que pour les cliniciens, pharmaciens ou chercheurs impliqués dans la chaîne de diagnostic.

La création de ce DU est née de ce constat : il manquait un espace de formation structuré, universitaire, permettant de donner aux professionnels des bases solides sur le NGS, l’analyse des données et leurs applications concrètes dans les deux grands champs que sont les maladies rares et l’oncologie. L’objectif a été, dès le départ, de proposer une formation ancrée dans la pratique réelle, en lien direct avec les usages cliniques actuels de la médecine génomique, et capable d’accompagner durablement l’intégration de ces outils dans le système de santé. »

La médecine génomique a été érigée en priorité nationale avec le Plan France Médecine Génomique 2025. En quoi ce contexte de politique publique a-t-il influencé votre réflexion, et comment le DU s’inscrit-il dans cette dynamique nationale de transformation du système de santé ?

« Le Plan France Médecine Génomique 2025 a clairement structuré le paysage dans lequel nous travaillons aujourd’hui. Il a acté, au niveau national, que la génomique et le séquençage à haut débit ne relevaient plus uniquement de la recherche, mais devaient devenir des outils à part entière de la pratique clinique courante, aussi bien pour les maladies rares que pour le cancer.

Dans ce contexte, l’une des difficultés majeures n’est pas tant l’accès à la technologie que l’appropriation des outils et des concepts par les professionnels de santé. Le déploiement du NGS dans le système de soins suppose des compétences solides en génétique, en bio-informatique, en interprétation des variants, mais aussi une compréhension fine des enjeux cliniques, réglementaires et éthiques. C’est précisément sur ce maillon que la formation est essentielle.

Le DU s’inscrit très concrètement dans cette dynamique nationale, tout en la dépassant. Il vise à accompagner la transformation des pratiques en formant des professionnels capables de faire le lien entre les données de séquençage, leur interprétation et leur utilisation clinique. Il contribue ainsi au continuum entre soin et recherche voulu par le Plan France Médecine Génomique, mais aussi, plus largement, à l’intégration pérenne de la médecine génomique dans la prise en charge des patients.

Ce cadre de politique publique a clairement légitimé ce type de formation universitaire. Le DU répond à un besoin structurel du système de santé : diffuser les compétences, réduire les inégalités d’accès à l’expertise et accompagner, sur le long terme, l’appropriation de la génomique par les professionnels de santé pour la prise en charge des patients. »

Le recours au NGS marque un changement profond de paradigme en génétique. En quoi cette approche a-t-elle transformé le diagnostic et la prise de décision clinique, notamment dans les maladies rares et le cancer ?

« La médecine génomique repose effectivement sur un changement de paradigme très profond. Pendant longtemps, en génétique, on raisonnait de manière ciblée : un gène, une pathologie, une hypothèse clinique précise. Avec le NGS, on est passé à une approche globale, où l’on explore simultanément des dizaines, des centaines, voire l’ensemble des gènes, ce qui modifie profondément la manière de poser un diagnostic.

Sur le plan conceptuel, cela suppose d’accepter une complexité beaucoup plus grande. On ne cherche plus uniquement “le” variant attendu, mais on doit analyser un ensemble de variants, hiérarchiser leur pertinence, les interpréter dans un contexte clinique précis et, surtout, gérer l’incertitude. Cela nécessite une articulation étroite entre génétique, bio-informatique et clinique.

Dans les maladies rares, le NGS a profondément transformé le diagnostic en permettant d’identifier des causes génétiques qui seraient restées inaccessibles avec des approches ciblées. Il permet de réduire des errances diagnostiques parfois longues, d’affiner le conseil génétique et, dans certains cas, d’orienter la prise en charge thérapeutique.

En oncologie, la bascule est tout aussi importante. Le NGS permet de caractériser finement les profils moléculaires des tumeurs, d’identifier des altérations actionnables et de guider les choix thérapeutiques dans une logique de médecine personnalisée et adaptative. Mais là encore, l’enjeu n’est pas seulement technologique : il réside dans la capacité des professionnels à interpréter correctement les données et à les traduire en décisions cliniques pertinentes. »

Le DU couvre à la fois les technologies de séquençage, l’analyse bio-informatique, l’interprétation des variants et leurs applications cliniques. Comment avez-vous structuré l’enseignement pour permettre aux participants de passer des données de séquençage à des usages concrets en pratique professionnelle ?

« L’un des enjeux centraux du DU a été d’éviter une juxtaposition de contenus théoriques pour construire un parcours cohérent, qui accompagne progressivement les professionnels depuis la donnée brute de séquençage jusqu’à son interprétation clinique.

Nous avons structuré l’enseignement de manière progressive. On commence par poser les bases indispensables : comprendre ce qu’est le génome, les principes technologiques du NGS et les différents types de données générées. Cela permet à tous les participants, quel que soit leur profil initial, de partager un socle commun de connaissances.

On entre ensuite dans la dimension plus opérationnelle, avec les outils bio-informatiques et l’analyse des variants. L’objectif n’est pas de former des bio-informaticiens au sens strict, mais de permettre aux professionnels de comprendre comment les données sont produites, filtrées, annotées et hiérarchisées, afin de dialoguer efficacement avec les équipes techniques, d’identifier les limites méthodologiques et de conserver un regard critique sur les résultats.

L’ensemble de ces compétences est constamment replacé dans un contexte clinique et biologique concret, à partir de situations issues des maladies rares et du cancer, souvent complexes et non idéales. Le but est que les participants puissent réellement passer des données de séquençage à une interprétation pertinente et utile pour le diagnostic et la prise de décision clinique. »

Le DU aborde également des applications avancées comme l’analyse génomique des tumeurs, des hémopathies et de l’ADN circulant. En quoi ces approches constituent-elles aujourd’hui un tournant pour la médecine personnalisée, et quels sont les principaux défis associés ?

« L’analyse génomique des tumeurs solides, des hémopathies malignes et de l’ADN plasmatique circulant représente un tournant majeur pour la médecine personnalisée. Ces approches permettent d’accéder à une information moléculaire plus fine et plus dynamique que les techniques classiques.

Dans le cas des tumeurs solides et des hémopathies, le NGS permet d’identifier des altérations somatiques complexes, de mieux comprendre l’hétérogénéité tumorale et d’orienter les stratégies thérapeutiques en fonction du profil moléculaire du patient.

L’ADN circulant constitue une évolution particulièrement intéressante. Il permet d’obtenir une information génomique de manière moins invasive, de suivre l’évolution clonale d’une tumeur au cours du temps et de détecter précocement des mécanismes de résistance. En prénatal, l’analyse de l’ADN fœtal circulant a également profondément modifié les pratiques de dépistage et de diagnostic.

Ces approches posent cependant des défis majeurs. Elles nécessitent une maîtrise fine des méthodes de séquençage, des seuils de détection et de la qualité des données, ainsi qu’une grande prudence interprétative. Leur utilisation en routine suppose des indications bien posées et une intégration raisonnée des résultats dans le contexte clinique. L’objectif du DU est précisément de donner aux participants les clés pour comprendre à la fois le potentiel et les limites de ces outils. »

La mise en œuvre du NGS soulève des enjeux éthiques, réglementaires et de qualité importants. Comment ces dimensions sont-elles prises en compte dans le DU ?

« La mise en œuvre du NGS en pratique clinique ne peut pas se concevoir sans une attention forte aux dimensions éthiques, réglementaires et de qualité. Ces enjeux conditionnent directement la confiance des patients, des cliniciens et des institutions.

Dans le DU, ces aspects sont abordés de manière transversale. Il ne s’agit pas seulement de connaître les textes réglementaires, mais de comprendre pourquoi ils existent et comment ils structurent l’exercice quotidien. Le NGS génère des informations sensibles, parfois complexes à interpréter, avec des conséquences importantes pour les patients et leurs familles : consentement, restitution des résultats, découvertes incidentes, gestion de l’incertitude.

Les questions de qualité et d’accréditation sont également centrales. Intégrer le NGS en routine suppose des processus robustes, des validations méthodologiques rigoureuses et une traçabilité complète des analyses. Ces exigences constituent des garanties indispensables de fiabilité et de sécurité pour la prise de décision clinique. »

Le DU s’adresse à un public pluriel. Comment avez-vous conçu cette formation pour répondre à des profils différents, et quels usages professionnels concrets chacun peut-il en retirer ?

« Dès la conception du DU, il a été clair que nous nous adressions à un public volontairement pluriel. C’est à la fois une richesse et un défi pédagogique. L’enjeu a été de construire une formation capable de créer un socle commun tout en restant pertinente pour chacun.

La formation débute par des bases partagées, qui permettent à tous les participants d’acquérir une compréhension commune des principes du NGS et des cadres d’interprétation. Elle favorise ainsi l’émergence d’un langage commun entre le laboratoire, la clinique et la recherche.

Ensuite, chacun s’approprie les contenus en fonction de ses usages professionnels : les biologistes renforcent leur capacité d’analyse et d’interprétation en routine, les cliniciens acquièrent des clés pour intégrer les résultats génétiques dans la décision médicale, et les chercheurs disposent d’outils conceptuels pour exploiter les données dans une perspective translationnelle.

L’objectif n’est pas de former des profils identiques, mais de permettre à chacun de mieux maîtriser les outils de la médecine génomique dans son champ d’activité, tout en favorisant un langage commun entre le laboratoire, la clinique et la recherche. C’est cette capacité à travailler à l’interface des disciplines qui constitue, à mon sens, l’un des apports majeurs du DU. »

Peut-on aujourd’hui faire de la médecine de précision sans une maîtrise solide de la génomique et du NGS au sein du système de santé ?

« Non, clairement pas. La médecine de précision repose aujourd’hui sur une maîtrise solide de la génomique et du NGS. Sans ces compétences, il est impossible d’exploiter pleinement le potentiel des données moléculaires ni de les intégrer de manière fiable et responsable dans la prise en charge des patients. La formation constitue donc un levier indispensable pour rendre cette médecine durable, équitable et réellement opérationnelle. »